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Deteção de ortólogos e parálogos utilizando a árvore filogenética

AUTHOR Malhi, Manpreet Singh; Kaur, Sukhdeep
PUBLISHER Edicoes Nosso Conhecimento (12/27/2024)
PRODUCT TYPE Paperback (Paperback)

Description
A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralogia e é conhecido por ser exato. No presente trabalho, é desenvolvido um pipeline para a deteção de ortólogos e paralólogos com base na abordagem filogenética. Um conjunto de proteínas foi descarregado do UniProt e foi criada uma base de dados. Foram detectados ortólogos e parálogos para a sequência de proteínas em causa. Foram utilizados o algoritmo de sobreposição de espécies e o limiar de distância patrística entre pares para identificar a previsão exacta e ajustada de parálogos e ortólogos. Foi desenvolvida uma interface amigável para facilitar a utilização.
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Product Format
Product Details
ISBN-13: 9786208405762
ISBN-10: 6208405769
Binding: Paperback or Softback (Trade Paperback (Us))
Content Language: Portuguese
More Product Details
Page Count: 60
Carton Quantity: 118
Product Dimensions: 6.00 x 0.14 x 9.00 inches
Weight: 0.22 pound(s)
Country of Origin: US
Subject Information
BISAC Categories
Science | Life Sciences - Botany
Descriptions, Reviews, Etc.
publisher marketing
A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralogia e é conhecido por ser exato. No presente trabalho, é desenvolvido um pipeline para a deteção de ortólogos e paralólogos com base na abordagem filogenética. Um conjunto de proteínas foi descarregado do UniProt e foi criada uma base de dados. Foram detectados ortólogos e parálogos para a sequência de proteínas em causa. Foram utilizados o algoritmo de sobreposição de espécies e o limiar de distância patrística entre pares para identificar a previsão exacta e ajustada de parálogos e ortólogos. Foi desenvolvida uma interface amigável para facilitar a utilização.
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